Z objaśnień MF dotyczących obowiązku raportowania schematów podatkowych wynika, że sam fakt korzystania z preferencji wynikających wprost z ustaw podatkowych nie będzie podlegał temu obowiązkowi. Wątpliwości dotyczyły głównie takich preferencji jak m.in. ulga IP Box, czy ulga B+R, czy zwolnienia przewidziane na terenie SSE. Jak tłumaczy MF, obowiązek raportowania może wystąpić jedynie , gdy spełnione zostaną przesłanki uznania danego uzgodnienia za schemat podatkowy.
Wpłaty na konta emerytalne i odliczanie ulgi na dzieci nie jest schematem podatkowym. Nie podlegają zatem raportowaniu – to m.in. potwierdziło Ministerstwo Finansów w zeszłym tygodniu objaśnieniach podatkowych. Wynika z nich, że podmiotowi, który się do nich zastosuje, będzie przysługiwać ochrona.
Obowiązujące od stycznia 2019 r. krajowe regulacje MDR stanowią implementację Dyrektywy Rady (UE) 2018/822 z 25 maja 2018. Jednak regulacje krajowe różnią się fundamentalnie w dwóch aspektach od przepisów unijnych – po pierwsze, zakresem krajowego raportowania są objęte nie tylko schematy podatkowe transgraniczne ale także krajowe. Po drugie, celem dyrektywy jest przeciwdziałanie unikaniu opodatkowania, które jest zjawiskiem szkodliwym, naruszającym zasady uczciwej konkurencji na wspólnym rynku, natomiast Ministerstwo Finansów za schematy podatkowe uznaje także m.in. zupełnie legalne i dozwolone przez ustawodawcę rozwiązania przynoszące korzyści podatkowe (np. działalność w SSE, pod pewnymi warunkami możliwość korzystania z ulgi B+R i Innovation Box). Powoduje to de facto nałożenie dodatkowych obowiązków administracyjnych na przedsiębiorców, którzy nie mają nic wspólnego z unikaniem opodatkowania ani w wymiarze krajowym ani zagranicznym. Za brak wypełniania tych obowiązków grożą im natomiast drakońskie kary.
Ministerstwo Finansów zapewniło, że ewentualne opóźnienia dotyczące realizacji obowiązków informacyjnych na gruncie nowych przepisów nie będą rodziły negatywnych konsekwencji dla podmiotów zobowiązanych, pod warunkiem że obowiązki te zostaną prawidłowo wykonane do 28 lutego 2019 r. Dodało, że w przypadku prawidłowego wykonania opóźnionych obowiązków informacyjnych w okresie od 1 marca 2019 r. do 30 kwietnia 2019 r. opóźnienia te będą traktowane jako przypadki mniejszej wagi. Podmiotowi, który zastosuje się do objaśnień MDR, będzie przysługiwać ochrona. Zasada ta wynika z art. 14n § 4 Ordynacji podatkowej. 
Z wydanych objaśnień wynika, że obowiązek informacyjny na podstawie przepisów MDR nie powstanie, gdy nie jest spełnione kryterium kwalifikowanego korzystającego (tj. przychody/koszty/aktywa podmiotu nie przekraczają równowartości 10 mln euro oraz wartość przedmiotu uzgodnienia nie przekracza 2,5 mln euro) i jednocześnie nie jest spełnione kryterium transgraniczne.
Schematem podatkowym nie będzie także m.in.: wybór metody degresywnej amortyzacji w podatku dochodowym, wybór opodatkowania VAT transakcji nieruchomości poprzez rezygnację z dobrowolnego zwolnienia z VAT ani decyzja w zakresie obniżenia stawek amortyzacyjnych, jeżeli te działania są podejmowane jako niestanowiące elementu uzgodnienia obejmującego także inne czynności. Raportowaniu nie będzie podlegał także sam fakt skorzystania z ulg i preferencji podatkowych (ulgi badawczo-rozwojowej oraz Innovation Box). Jak tłumaczy MF, obowiązek raportowania może wystąpić jedynie w sytuacji, w której spełnione zostałyby przesłanki uznania danego uzgodnienia za schemat podatkowy. Resort precyzuje także, że obowiązkiem informacyjnym nie będzie objęte także skorzystanie z ulgi na dzieci oraz wspólnego rozliczenia się z małżonkiem.
